La trombosi perianale è determinata da un'ostruzione delle vene della mucosa rettale. È caratterizzata dalla presenza di noduli bluastri dolenti con i caratteri dell'infiammazione, localizzati a livello della regione sfinterica esterna. La trombosi perianale è molto dolorosa ma generalmente regredisce nel giro di poco tempo. La guarigione può essere accelerata attraverso un'incisione, manovra che allevia il dolore nell'immediato. La trombosi perianale è causata per lo più dal rimanere seduti per molto tempo su superfici dure. Stimolazioni meccaniche eccessive, come per esempio l'uso di carta igienica ruvida, vanno evitate. Sfortunatamente questa forma di tromboflebite è spesso diagnosticata come un attacco acuto di emorroidi esterne e trattato con medicazioni umide, pomate e supposte. Con questo tipo di trattamento la condizione può durare per due o più settimane. Il trattamento corretto consiste nell'incidere il nodulo in anestesia locale e rimuovere il trombo.