Le cisti pilonidali sono fistole di origine infiammatoria, che si presentano solitamente al di sopra del solco intergluteo.La formazione delle cisti pilonidali è attribuita a peli incarniti. L'eccessiva postazione seduta è ritenuta essere un fattore predisponente per questa condizione in quanto aumenta la pressione a livello della regione coccigea, spingendo ulteriormente i peli all'interno della cute e del tessuto sottocutaneo. Questo può portare alla formazione di un granuloma, che può infettarsi ed esitare quindi in un ascesso. Un tratto fistoloso (seno pilonidale) può originare dal punto di origine dell'infezione ed aprirsi sulla superficie della cute o estendersi in profondità nel tessuto.