L'ubichinone è un derivato chinone con una catena laterale lipofila e strutturalmente correlata alla vitamina K e vitamina E. Nella sua forma ossidata, è un chetone.Ubiquinolo è detta forma ridotta, come l'ubichinone con l'inclusione di due atomi di H in un Sostituzioni alcool. I due gruppi chetonici (-C = O) a due gruppi alcolici (-C-OH)