Un seno pilonidale richiede sempre un trattamento chirurgico. Se ci si trova di fronte ad un ascesso iperacuto, si può dare sollievo ai sintomi con una incisione che perfori ed operare quindi in maniera elettiva dopo la regressione dei segni di flogosi.
Durante l'intervento chirurgico i dotti fistolosi e il tessuto circostante devono essere escissi in modo completo. Per una migliore evidenziazione dei dotti fistolosi, si può iniettare del blu di metilene a livello dell'apertura della fistola durante l'intervento. In questo modo non si trasvurano i rami più piccoli della fistola.
Le opinioni sull'approccio postoperatorio dopo l'escissione sono divergenti. In linea di principio, si può decidere tra una chiusura della ferita per prima intenzione con una sutura o una chiusura della ferita per seconda intenzione. Gli studi mostrano che la procedura aperta con guarigione della ferita per seconda intenzione danno minori recidive. Tuttavia, la guarigione per seconda intenzione delle ferite richiede 6-8 settimane durante le quali è richiesto un trattamento regolare delle ferite.
In una chiusura per prima intenzione delle ferite, il trattamento postoperatorio è meno complicato ma le recidive sono più frequenti. La tendenza alla recidiva può probabilmente essere prevenuta nella maniera migliore da un'escissione sufficientemente ampia, con procedure il più possibile sterili durante la chiusura della ferita, e trattamento antibiotico postoperatorio robusto postoperatorio - tuttavia, permane l'aumentato rischio di recidiva.