La terapia di una cisti pilonidale è sempre chirurgica. Se l'ascesso è molto acuto, può essere alleviato con l'incisione prima dell'intervento chirurgico e, dopo che i segni di infiammazione saranno diminuiti, può essere operato elettivamente. Durante l'operazione è necessario eseguire un'asportazione completa dei condotti della fistola e del tessuto circostante. Per poter vedere meglio i dotti della fistola, durante l'intervento chirurgico è possibile iniettare blu di metilene nell'apertura della fistola, in modo da non lasciarsi sfuggire le diramazioni più piccole. Dopo l'escissione, vi sono opinioni divergenti sulla procedura da seguire. In linea di massima la ferita chirurgica può essere chiusa per sutura o può essere fatta guarire per cicatrizzazione secondaria. Gli studi dimostrano che la guarigione della ferita aperta con cicatrizzazione secondaria porta a meno recidive. Tuttavia, la guarigione della ferita secondaria richiede circa 6-8 settimane, durante le quali è necessario un trattamento regolare della ferita.
Se viene eseguita una cicatrizzazione primaria, il trattamento postoperatorio è meno complicato, ma la recidiva è più frequente. La tendenza alla recidiva può essere probabilmente prevenuta al meglio con una sufficiente escissione, la massima attenzione alla sterilizzazione durante il processo e una generosa somministrazione perioperatoria di antibiotici, anche se il rischio di recidiva rimane elevato.
