Una biopsia di strati più profondi del tessuto può essere eseguita attraverso la pelle (transcutanea) o con una piccola incisione cutanea (per esempio quando si usano grandi aghi biopsia). Prima di entrare l'ago bioptico, la pelle ha bisogno di essere disinfettata e, se necessario, viene applicata anestesia locale.
Aghi per biopsia vengono introdotti sia con la palpazione, cioè senza il controllo a vista ("cieco"), o sotto il controllo vista con dispositivi di imaging.