En la enfermedad de Crohn no se presentan una poliposis real, se da un "fenómeno de empedrado": secciónes de mucosa inflamada alternadas con ulceraciones profundas, que generan la impresión de un empedrado.
La enfermedad de Crohn pertenece a un grupo de enfermedades inflamatorias intestinales crónicas. Se trata de una inflamación granulomatosa crónica, que puede ocurrir en el tracto gastrointestinal, desde la boca hasta el ano. En la mayoría de los casos el intestino delgado (íleon terminal en aproximadamente 40%) y el colon están afectados. Rara vez el esófago y la boca están involucrados. Un rasgo característico de la enfermedad de Crohn son los segmentos afectados de la mucosa intestinal, separadas por porciones sanas de la misma.