El sistema nervioso autónomo junto con el sistema nerviosos somático forma el sistema nervioso de vertebrados. La autonomía se refiere al hecho que éste sistema parcial en gran medida elude al control por el cerebro. Sin embargo, ésta diferenciación no es muy selectiva porque partes de sistema nervioso somático tampoco están sujetos al control del cerebro (p.e. reflejos motores). El sistema nervioso autónomo controla a las funciones vitales como la respiración, la digestión, y el metabolismo. También órganos individuales o sistemas de órganos como los órganos sexuales o los músculos oculares interiores están sujetos a la influencia del sistema nervioso vegetativo. Se diferencia entre el sistema simpático, parasimpático y intramural. El sistema simpático y parasimpático tienen efectos antagonistas a los órganos.