Die Diagnose einer Nierenzyste ist von ihrer Größe abhängig. Hierbei werden kleinere eher zufällig entdeckt, während große Zysten aufgrund der damit zusammenhängenden Symptomatik im Rahmen einer Untersuchung diagnostiziert werden. Mit Hilfe des Ultraschalls kann der Urologe die Nierenzyste von einem Nierentumor abgrenzen.