Die Ursachen einer Metaplasie sind darin zu suchen, dass Zellen chronisch irritiert, gereizt oder überbelastet werden (z.B. durch Druck, Säure oder Entzündung). Die strapazierten Zellen passen sich daraufhin den veränderten Umständen an und differenzieren sich. Eine Metaplasie ist an sich noch nicht problematisch, sie kann jedoch zur fakultativen Präkanzerose werden, d.h. unkontrolliert wuchern (Krebs).