Ist die Analfissur einmal chronisch geworden, bringen konservative Behandlungsversuche allenfalls vorübergehende Erleichterung, zur dauerhaften Heilung ist ein operativer Eingriff unumgänglich.
Dabei wird das kleine „Geschwür“ mitsamt der Hautwucherung ausgeschnitten und die Wunde der Heilung überlassen, wobei die oben genannten konservativen Maßnahmen hilfreich sind. Erweist sich der innere Schließmuskel auch in Narkose als noch sehr eng, insbesondere der untere Rand, kann eine Einkerbung des unteren Anteils sinnvoll sein (siehe Abbildung), um die Abheilung der Fissur zu gewährleisten, meistens genügt eine moderate Dehnung.
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