Ubichinon ist ein Chinon-Derivat mit lipophiler Seitenkette und strukturell mit Vitamin K und Vitamin E verwandt. In seiner oxidierten Form ist es ein Keton.
Ubichinol heißt die reduzierte Form, da Ubichinon mit der Aufnahme von 2 H-Atomen in einen Alkoholübergeht. Die beiden Ketogruppen (-C=O) werden zu zwei Alkoholgruppen (-C-OH)