Die Ausdehnung der Analfissur ist elliptisch und folgt dem Verlauf des Analkanals. In 90% der Fälle findet sich das Ulkus an der hinteren Kommissur, in nur 10% der Fälle an der vorderen Kommissur. Bei multiplen Fissuren oder Fissuren an lateraler Position besteht ein Verdacht auf spezifische Erkrankungen (z.B. Tuberkulose, Morbus Crohn, Syphilis).
Bei der akuten Analfissur ist das Ulkus flach und an den Rändern nur schwer abgrenzbar. Auf dem Wundgrund sieht man Fasern der Muscularis mucosae.
Bei der chronischen Analfissur sieht man distal des Ulkus eine prägnante Hautfalte. Sie wird als "Vorpostenfalte" bezeichnet. Proximal ist eine hypertrophe Papille charakteristisch. Auf dem Wundgrund laufen quere Fasern des Musculus sphincter ani internus. Das klinische Bild kann hier zusätzlich durch Abszesse und Fistelbildung geprägt sein.